Подскажите желательно дублировать flash-навигацию обычными
ссылками для лучшей обработки поисковиками( читал что всегда должны быть явные внутренние ссылки чтобы поисковик нормально проиндексировал).
Флеш все равно вставляется в тело документа HTML. Кроме ссылки "перейти на HTML-версию" сайта можете внизу станицы кодом HTML сделать ссылки на разделы/страницы сайта. Я бы сделал небольшим шрифтом (например как текст phpBB 2.0.10 Template by BMan1 внизу этой страницы) в тон дизайну.
